TargetのIdentifierやVersion、Buildが空になり保存しても消える

プロジェクト複製後、Xcodeにリネームして頂くと起こりやすいかも。

plistの位置が変な設定にしてくれちゃうので、

プロジェクトのTARGETの「BuildSettings」から「Info.plist File」の項目を直す。

自分の場合はどういうわけかSDK内の絶対パスに設定されてたので

「〜〜〜.plist」とファイル名だけにしたら解決した。