Windows7(64bit)のFlashDevelopで
このバージョンの %1 は、実行中の Windows のバージョンと互換性がありません。コンピューターのシステム情報を確認して、プログラムの x86 (32 ビット) のバージョンと x64 (64 ビット) のバージョンのどちらが必要か確認してから、ソフトウェアの発行元に問い合わせてください。
と表示されてデバッグができなくなったのでメモ。
解決方法：
FlashDevelop(以下FDと記述)のプロジェクトを右クリック＞「プロジェクト設定」を開く
Playerのバージョンを確認する。（今回は11.3として記述していく）
http://www.adobe.com/support/flashplayer/downloads.html で
「Download the Windows Flash Player 11.3 Projector content debugger」をダウンロード
(11.3はこの記事を書いた時点のものなので、バージョンはその時に合わせる)
そのexeを適当な場所に置く。
FDのメニューから「ツール」＞「環境設定」＞「FlashViewer」を選択
「External Player Path」に先ほどのexeを指定する。
ビルドを一度クリーンしてからリビルド＆実行。