まず、以下からFlashPlayer(デバッグ版)を別途ダウンロード・インストールする。
http://www.adobe.com/support/flashplayer/downloads.html
※もしリンクが切れてたら「Flash player debug」なんかでググれば出るはず。
IEでデバッグしたいなら、
Download the Windows Flash Player 11.4 ActiveX control content debugger (for IE)
ChromeやFireFoxなどでデバッグしたいなら
Download the Windows Flash Player 11.4 Plugin content debugger (for Netscape-compatible browsers)
をダウンロードしてインストールする。（バージョン11.4はこの記事を書いた時点のもの）
もちろん両方入れても構わない。
IEは特にPlayerを切り替える設定の必要はないはず。以下の7.まで飛ばして良い
今回はChromeでデバッグしたい場合なのでChromeの人は1.から行う事。
1.インストール後、一度すべてのChromeウインドウを閉じてから再起動する。
こうしないと新たにインストールしたデバッグ版Playerがプラグインとして認識されない。
2.スパナアイコンから「設定」＞画面最下部の「詳細設定を表示...」
＞プライバシーの「コンテンツの設定...」ボタンを押す
3.中段ほどにあるプラグインの「プラグインを個別に無効にする...」リンクをクリック
4.右上の「[+]詳細」を押す
5.Flashに3Fileほどあるはずなので、場所に「\Google\Chrome」が含まれているものを「無効にする」を押す
（おそらくデバッグ版は最後にインストールしたので一番下に出ている。これだけ有効にする）
6.Chromeをすべて閉じる
7.デバッグしたいSWFと同じ階層(今回はFlashDevelop任意プロジェクトフォルダののbin下)に
objectタグなどでSWFをembedしたhtmlファイルを用意する。(今回はtest.htmlとする)
8.FlashDevelopを起動
9.プロジェクト＞プロジェクトの設定で一番下のプロジェクトをテスト(T)から
「ドキュメントを開く...」を選択し、「編集」ボタンを押す
10.「bin/test.html」を入力
11.実行するとhtml経由でSWFを読み込みデバッグできる。flashVarなどチェックしたい時に便利。
Chromeでブレイクポイントを使うと、一定時間動きがなかったので
プラグインを強制終了しますか？とか定期的に出るのが残念だけど
これはChromeの機能なので仕方ないっぽい。
追記：Chromeは設定しても自動更新後、5の無効にするが戻されてる場合があるみたい。
設定したのにできない時は、5から見なおして
Chrome標準のPlayerが有効になってしまってないかみると良い。
それと、埋め込みSWFがビルドしたSWFじゃない別のSWFを指している場合、
当然デバッグがおかしな事になる(ブレイク後、変な移動をしたりする)ので設定ミスに注意。