Unity で Window 上のマウス座標を知りたい時

Event.current.mousePosition でわかる。

EditorWindow 内で毎フレーム移動座標が欲しい場合は、

初期化時に wantsMouseMove を true にする必要あり。

参考：Unity のリファレンス
http://docs.unity3d.com/Documentation/ScriptReference/EditorWindow-wantsMouseMove.html

なお、 SceneView 内のマウス座標は、 Input.mousePosition を使う。