appcfg.py download_app -A <your_app_id> -V <your_app_version> <output-dir>
とコマンドを叩けば、任意のバージョンのプロジェクトをダウンロード可能。
その他、appcfg のコマンドについては、以下を参照。
https://developers.google.com/appengine/docs/python/tools/uploadinganapp
追記：
ある日突然、パスワードが違うと言われるようになった。(ブラウザではログインできる)
こちらの記事で解決方法を書きました