なんだか最近、Unityを終了する時に必ずクラッシュするようになったなぁと思ったら、
VSCodeプラグインが入っていると落ちる事が分かった。
Unity2017.x系どれでも起きている。おそらくUnity5.xでも起こると思う。
解決方法は、Plugin/VSCode.csを開き、
static void FixUnityPreferences()内にある
if ( EditorWindow.focusedWindow == null)
return;
を
if ( !EditorApplication.isPlaying || EditorWindow.focusedWindow == null)
return;
とすれば直る。