しばらく放置していた古いプロジェクトを Unity2018 で開いたら
実行時に必ず「The Referenced Script On This Behaviour Is Missing」が出るようになった。
【解決方法】
・その警告が出るシーンのプレハブなど内容をすべてコピー
・新しいシーンを作成する
・新しいシーンのテンプレ内容（MainCameraとDirectinalLight）を消す
・コピーしていた内容を貼り付け
これで直る。ようなシーンファイルが壊れたって事ですな。