NGUI の AtlasMaker でアトラスとスプライトを作成すると、
プレハブとシェーダと統合画像が同名になる為、
GameObject prefab = GameObject.Instantiate ( Resources.Load("your atlas" );のようにすると、Unity が正しく認識できない場合がある。
なので、この場合は
GameObject prefab = GameObject.Instantiate ( Resources.Load("your atlas", typeof (GameObject) );と、後ろに GameObject の型指定のパラメータを付けてやる。